Si bien no todos los prejuicios contra Israel pueden considerarse antisemitismo, hay instancias en los que los prejuicios contra el Estado de Israel se convierten en antisemitismo. Esta forma de antisemitismo a veces se conoce como el «antisemitismo nuevo» o «nuevo antisemitismo» .

El 27 de abril de 1940, Heinrich Himmler ordenó la creación de un campo de concentración en el lugar. La construcción comenzó en mayo de 1940 y la fecha oficial de apertura del campo fue el 20 de mayo de 1940. Los primeros prisioneros fueron alemanes y polacos, enviados desde Sachsenhausen y Tarnow. En marzo de 1941, las cifras de prisioneros habían aumentado a 11.000. Auschwitz I, que era principalmente un campo de concentración que cumplía funciones penales, incluía un crematorio y, a finales del verano de 1941, operó brevemente una cámara de gas experimental. De 1940 a 1942, los prisioneros fueron principalmente líderes políticos, civiles y espirituales polacos, la intelectualidad (intelligentsia) y miembros de la resistencia. A partir de 1942, algunos de los judíos deportados a Auschwitz fueron admitidos en este campo principal. Auschwitz I fue también un campo de pruebas para los médicos de las SS que llevaban a cabo experimentos inhumanos y pseudocientíficos en el «hospital» del campo (Bloque 10). Cerca del hospital estaba el Muro de la Muerte (también conocido como «Muro Negro») donde miles de prisioneros fueron fusilados. Auschwitz I se expandió rápidamente y a finales de 1941 tenía 18.000 prisioneros; en 1943, albergaba aproximadamente a 30.000 reclusos. La evacuación del campo comenzó el 18 de enero de 1945. El 27 de enero de 1945, las tropas soviéticas liberaron a 1.200 prisioneros en Auschwitz I.

El campo estaba ubicado cerca del pueblo polaco de Brzezinka, que fue vaciado de su población polaca para el proyecto. El hacinamiento en Auschwitz I, provocado por la llegada de prisioneros de guerra soviéticos a finales de 1941, obligó a acelerar la construcción de este campo. Las primeras secciones de Auschwitz II-Birkenau se completaron en 1942. Cuando la construcción finalizó, el campo tenía nueve secciones separadas por vallas de alambre de púas electrificadas. Originalmente pensado como un campo para 100.000 prisioneros de guerra soviéticos, la función principal de Auschwitz II-Birkenau pasó a ser el asesinato de judíos europeos. En sus cámaras de gas se utilizó el insecticida Zyklon B. Las primeras cámaras de gas provisionales se consideraron inadecuadas para la escala de gaseamiento planeada. Entre marzo y junio de 1943 entraron en funcionamiento cuatro grandes cámaras de gas y crematorios. Cuando los cuatro estaban operativos, Auschwitz II-Birkenau poseía una capacidad sin igual para asesinatos en masa y eliminación de cadáveres. Las operaciones de gaseo continuaron hasta noviembre de 1944. El ritmo de las deportaciones aumentó en la primavera de 1944 después de la ocupación alemana de Hungría. La comunidad judía húngara era entonces la más grande que quedaba en la Europa controlada por los alemanes. Entre abril y noviembre de 1944, Auschwitz recibió más deportados judíos que en los dos años anteriores. Durante la selección inicial, los médicos de las SS u otros oficiales decidían si los prisioneros recién llegados eran aptos, o no, para realizar trabajos forzados. La mayoría eran enviados inmediatamente a las cámaras de gas. El 27 de enero de 1945, las fuerzas soviéticas liberaron el complejo del campo de Auschwitz; en Auschwitz II-Birkenau quedaron con vida 5.800 prisioneros. Durante el transcurso de su existencia, los prisioneros en el campo representaban muchas categorías, incluidos prisioneros políticos, polacos, criminales, judíos, prisioneros de guerra soviéticos y sinti-roma. Se estima que entre 1.100.000 y 1.600.000 de hombres, mujeres y niños predominantemente judíos fueron asesinados en Auschwitz, casi todos ellos en las cámaras de gas de Auschwitz II-Birkenau.

La construcción comenzó a finales de 1941 y el campo se inauguró en 1942. Auschwitz III-Monowitz era un enorme campo de trabajo esclavo que suministraba trabajadores a las grandes fábricas de productos químicos y caucho sintético de Buna Werke, de IG Farbenindustrie. En el verano de 1944, la población de prisioneros aumentó a más de 10.000, sin incluir a los de sus cuarenta subcampos. Debido a las condiciones del campo, la esperanza de vida de los prisioneros era de tres a cuatro meses y aún menos en los subcampos. Más de 30.000 prisioneros murieron en Auschwitz III-Monowitz durante su existencia. La evacuación de Auschwitz III-Monowitz y sus campos subsidiarios comenzó el 18 de enero de 1945, los prisioneros fueron enviados al campo de Gliwice. El 27 de enero de 1945, cuando las fuerzas soviéticas liberaron Auschwitz, sólo quedaban 600 prisioneros en Auschwitz III-Monowitz.

A finales de 1944 y principios de 1945, miles de prisioneros judíos que fueron obligados a marchar desde el este comenzaron a llegar al campo. Debido al deterioro de las condiciones sanitarias, estalló una epidemia de tifus y, a mediados de abril de 1945, habían muerto 35.000 prisioneros. El campo fue liberado el 15 de abril de 1945 por las fuerzas británicas, que quedaron consternadas al encontrar a la mayoría de los 60.000 reclusos en estado crítico. Durante los cinco días siguientes murieron 14.000 prisioneros y, en las semanas siguientes, otros 14.000.

En mayo de 1941 se convirtió en un campo de concentración autónomo. La creciente necesidad de utilizar prisioneros de campos de concentración en la producción de armamento llevó a la ampliación del campo de Gross Rosen. Se convirtió en el centro de una vasta red de más de 60 campos subsidiarios. El campo principal albergaba a unos 10.000 prisioneros, y la red de campos subsidiarios en Baja Silesia (Alemania) y Checoslovaquia albergaba hasta 80.000 reclusos. En 1942, comenzó la deportación de prisioneros judíos de diferentes partes de Polonia al campo de Gross Rosen. Desde enero de 1944 hasta principios de febrero de 1945, el campo recibió más de 100.000 prisioneros. Además de los judíos polacos, hubo una afluencia de transportes procedentes de Austria, Bélgica, Checoslovaquia, Dinamarca, Grecia, Francia, los Países Bajos, Italia, la URSS y otros países europeos ocupados por Alemania. En total llegaron a Gross Rosen 239 transportes. En Gross Rosen había dos redes de campos de trabajos forzados para judíos. La primera comprendía más de 20 campos que formaban parte del sistema de la Organización Schmelt en Silesia, la segunda fue una serie de campos subsidiarios para más de 10.000 judíos húngaros. La evacuación del campo principal comenzó a principios de febrero de 1945. Los prisioneros de Gross Rosen fueron trasladados a los campos de concentración de Mittelbau-Dora, Flossenbürg, Buchenwald, Mauthausen, Dachau, Bergen-Belsen y Sachsenhausen. El ejército soviético liberó Gross Rosen el 13 de febrero de 1945.

El gueto de Lodz sirvió como un importante centro industrial en la Polonia ocupada. Fue uno de los primeros guetos creados, y también el que existió por más tiempo. En agosto de 1942, había alrededor de 100 fábricas en el gueto; la mayoría especializaba en la producción textil, en particular uniformes para el ejército alemán.

La segunda ola de deportaciones, destinada a limpiar el gueto, comenzó el 18 de enero de 1943, pero fue suspendida después de cuatro días debido a la resistencia armada. El levantamiento del gueto de Varsovia comenzó el 19 de abril de 1943, en respuesta a renovados esfuerzos para deportar a los judíos restantes y fue dirigido por el comandante de la Zydowska Organizacja Bojowa (ZOB), Mordechai Anielewicz. Los alemanes declararon liquidado el gueto el 16 de mayo de 1943, aunque los combates continuaron después de esa fecha y algunos judíos permanecieron en búnkeres dentro del área arrasada del gueto hasta al menos enero de 1944.

El 11 de mayo de 1960, miembros del Servicio Secreto israelí lo capturaron en Argentina y lo llevaron a Israel para ser juzgado. Eichmann fue juzgado en Jerusalén (abril-diciembre de 1961), declarado culpable y condenado a muerte. Ejecutado el 31 de mayo de 1962, Eichmann es el único individuo condenado a muerte por el sistema penal israelí.

Una de las primeras Leyes de Núremberg declaró que sólo los arios podían ser ciudadanos del Reich. Esto despojó a los judíos de sus derechos políticos, prohibió las relaciones sexuales entre «arios» y judíos y no permitió a los judíos exhibir la bandera alemana/nazi ni los colores nacionales. Durante los ocho años siguientes se añadieron trece decretos adicionales, que incluían la primera definición oficial de quién debía ser considerado judío y quién ario.

Los partisanos judíos desempeñaron un papel destacado en partes de la Unión Soviética, donde las condiciones geográficas permitían esa guerra. En países del sur de Europa, como Yugoslavia y Grecia, los judíos se unieron a unidades partisanas generales, como lo hicieron en Eslovaquia. En países de Europa occidental, como Bélgica y Francia, la resistencia se caracterizó principalmente por movimientos clandestinos, en los que los judíos desempeñaron un papel importante.

Orquestado por los nazis en represalia por el asesinato de un funcionario de la embajada alemana en París por un joven judío de diecisiete años llamado Herschel Grynzspan, 1.400 sinagogas y 7.000 negocios fueron destruidos, casi 100 judíos fueron asesinados y 30.000 fueron arrestados y enviados a campos de concentración. Posteriormente, los judíos alemanes fueron considerados económicamente responsables de la destrucción provocada en sus propiedades durante este pogromo. (Ver también «pogromo»).

Durante el Holocausto, la resistencia cultural/espiritual fue a menudo la única forma posible de oponerse a la tiranía nazi. Ejemplos de resistencia cultural incluyeron desafiar las directivas nazis creando escuelas en los guetos, manteniendo costumbres religiosas, escribiendo poemas y canciones, dibujando, pintando o llevando diarios y otros registros de la vida en el gueto o en el campo. (Ver también «resistencia espiritual» y «resistencia armada».)

El personal del campo estaba formado por miembros de las SS alemanas, guardias ucranianos, algunos prisioneros de guerra soviéticos y varios Volksdeutsche. Las cámaras de gas de Sobibor se construyeron a mediados de abril de 1942 y se utilizaron hasta finales de septiembre de 1943. En el campo de Sobibor fueron asesinados judíos de Austria, Checoslovaquia, Francia, Alemania, Lituania, Países Bajos, Polonia y la Unión Soviética. Un pequeño número de judíos fueron trasladados de Sobibor a campos de trabajos forzados de la zona. El 14 de octubre de 1943, los reclusos sobrevivientes del campo se rebelaron y aproximadamente 300 prisioneros del recinto principal del campo lograron escapar (de ellos, sólo entre 50 y 70 sobrevivieron hasta mayo de 1945). El campo de Sobibor fue completamente desmantelado a finales de 1943. A mediados de 1944, el ejército soviético y el ejército popular polaco liberaron la zona. Aproximadamente 250.000 judíos fueron asesinados en Sobibor durante su existencia como campo de exterminio.

La Operación Reinhard fue el nombre en clave del plan alemán para exterminar a los aproximadamente 2.000.000 de judíos que vivían en la Polonia ocupada. Como parte de la Operación Reinhard, se establecieron tres campos de exterminio: Belzec, Sobibor y Treblinka. La construcción del campo de exterminio de Treblinka finalizó en julio de 1942. Fue el segundo campo ubicado en Treblinka (Treblinka II), pero debido a su notoriedad, se le suele llamar simplemente "Treblinka". Los primeros transportes llegaron desde el gueto de Varsovia ese mismo mes. Entre el 23 de julio y el 21 de septiembre de 1942, 254.000 judíos de Varsovia y 112.000 de otros lugares del distrito de Varsovia fueron asesinados en Treblinka. Desde mediados de noviembre de 1942 hasta enero de 1943, los transportes a Treblinka provenían principalmente de Bialystok. Algunos transportes de judíos del gueto de Varsovia fueron enviados a Treblinka en la segunda quincena de enero de 1943. Se estima que al menos 900.000 judíos fueron asesinados en Treblinka entre julio de 1942 y marzo de 1943. En marzo de 1943, se lanzó una operación para incinerar los cuerpos de las víctimas y borrar cualquier rastro del asesinato. El 2 de agosto de 1943 se produjo un levantamiento en el campo. Unos 850 prisioneros se encontraban en el campo durante el levantamiento. Varios prisioneros lograron escapar, pero solo entre 150 y 200 lograron evadir la captura, muchos de los cuales no sobrevivieron a la guerra. Se estima que solo unos 70 prisioneros de Treblinka seguían con vida al final de la Segunda Guerra Mundial. Los últimos transportes a Treblinka provinieron del gueto de Bialystok los días 18 y 19 de agosto de 1943, pero tras el levantamiento, el campo dejo de funcionar paulatinamente. En noviembre de 1943, se desmantelaron los edificios del campo; se aró el terreno y se plantaron árboles; los prisioneros restantes fueron fusilados, y el personal alemán y ucraniano abandonó el campo desmantelado.